Ze zrozumiałych względów monitoring szerzej rozpowszechnionych gatunków w skali ogólnopolskiej wymaga wyodrębnienia powierzchni próbnych w taki sposób, żeby uzyskiwane wyniki były reprezentatywne dla całego kraju. Podstawową jednostką powierzchniową na której liczone są ptaki w ramach MPD jest kwadrat o powierzchni 100km².  Na terenie kraju drogą losową wytypowano 42, a od 2008 roku 49 takich powierzchni. Zastosowano metodę losowania warstwowego, wydzielając wcześniej w obrębie siatki kwadratów zbiory powierzchni różniących się frekwencją 12 docelowych gatunków.

Ryc. Mapa rozmieszczenia 49 powierzchni objętych programem MPD (zaznaczono również sieć obszarów Natura 2000)