Główną formą finansowania działalności KOO poza darowiznami i przychodami z samodzielnie wykonywanych usług są dotacje. Od początku swojej działalności KOO uzyskał dofinansowanie kilkudziesięciu projektów.

	PKN ORLEN Partnerem Komitetu Ochrony Orłów w budowaniu nowych platform gniazdowych i naprawianiu uszkodzonych gniazd orłów, orlików i rybołowów na terenie Polski
	Fundacja EkoFundusz
	Narodowy Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Warszawie
	GEF/SGP UNDP Fundusz na Rzecz Globalnego Środowiska UNDP w Polsce
	Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Warszawie
	Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Olsztynie
	Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Rzeszowie
	Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Szczecinie
	Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Poznaniu
	Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Zielonej Górze
	Wojewódzki Fundusz Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej w Białymstoku
	Instrument Finansowy Unii Europejskiej LIFE+
	PGL Lasy Państwowe
	Centrum Koordynacji Projektów Środowiskowych
	Fundacja PBG