Monitoring gniazd bociana czarnego realizowany był przez członków KOO od początku funkcjonowania organizacji. Do roku 2007 formalnie gatunek ten nie figurował jednak w żadnym z realizowanych projektów. Kontrole gniazd i projektowanie stref ochronnych wykonywane były w pewnym sensie przy okazji odwiedzania gniazd rzadkich ptaków szponiastych. W 2007 roku zainicjowany został projekt Monitoring Ptaków Polski, w którym KOO prowadzi monitoring liczebności i rozpowszechnienia bociana czarnego na 47 powierzchniach próbnych. Projekt realizowany jest na zamówienie Głównego Inspektoratu Ochrony Środowiska.

W 2012 roku podjęto decyzję o oficjalnym włączeniu bociana czarnego do realizowanego przez KOO programu kontroli gniazd i lęgów gatunków strefowych, a wyniki rejestrowane są w naszej bazie danych. W 2016 roku przy współpracy z RDLP Łódź uruchomiona została pierwsza w kraju transmisja online z gniazda bociana czarnego. W ramach prowadzonych badań naukowych planujemy ponadto wyposażyć bociany czarne w nadajniki telemetryczne.