Zestaw cech siedliska lęgowego decydujący o wyborze przez orliki miejsc na budowę gniazda jest stosunkowo słabo poznany. Na wybór odpowiedniego siedliska składa się kilka zasadniczych elementów. Do najważniejszych należy odpowiedni wiek lasu, jego struktura oraz stopień penetracji przez człowieka. Prowadzone przez Komitet Ochrony Orłów badania dowodzą, że ostatni z wymienionych czynników – penetracja ludzka – może mieć dla orlika krzykliwego pierwszoplanowe znaczenie. Straty powodowane płoszeniem ptaków w okresie inkubacji (głównie prace leśne) stanowią średnio aż 20-30% przypadków, dla których określono przyczynę porzucenia lęgu. Przypuszczalnie z tego względu na niżu orliki często budują gniazda w okresowo podtapianych olsach, bagiennych borach i brzezinach. Zarówno w górach, jak i na niżu chętnie zasiedla trudnodostępne jary i doliny potoków. O ile w warunkach polskich dostępność odpowiednio ukształtowanych lasów nie jest z pewnością czynnikiem limitującym występowanie orlika krzykliwego, w innych państwach europejskich sytuacja wygląda odmiennie. Przykładem może być Litwa, gdzie w następstwie sprywatyzowania lasów i nadmiernej ich eksploatacji w latach 1980-2006 zaobserwowano lokalne spadki liczebności dochodzące nawet do 25-30%.

Do najważniejszych zadań KOO realizowanych w zakresie ochrony siedlisk lęgowych orlika krzykliwego należy:

• Inwentaryzacja nowych rewirów i gniazd orlika krzykliwego na terenie całego kraju
• Projektowanie i weryfikacja granic stref ochronnych – współpraca z RDOŚ i LP;
• Coroczna kontrola 300-500 stanowisk lęgowych pozwalająca ocenić skuteczność funkcjonowania ochrony strefowej, efektywność lęgów i przyczyny strat;
• Gromadzenie informacji i analiza preferencji siedliskowych;
• Sporządzanie eksperckich opinii w przypadku konieczności wykonania zabiegów sanitarnych w drzewostanach gniazdowych;
• Ocena potencjalnego wpływu przedsięwzięć inwestycyjnych na stan ochrony orlika krzykliwego – sporządzanie komentarzy i opinii do raportów oddziaływania na środowisko;
• Przygotowanie publikacji i referatów popularnonaukowych oraz specjalistycznych.